包括腸道細菌,人及許多動物的致病菌、酵母菌及一些絲狀真菌等,有氧時,透過氧化磷酸化途徑獲取能量;無氧時,菌體的細胞色素和其他呼吸系統組分減少或失去,透過發酵途徑獲得能量。酵母菌屬(Sacharomyces)和大腸杆A菌(Ecoli)是典型的兼性厭氧微生物,前者是生產單細胞蛋M白和酒精的重要工業菌;後者是生物工程研究中的重要工程菌和衛生學檢查的汙染指示菌
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