# 程式：R

library（ggplot2）

data <-read。csv（“

volcano。txt

”，sep = “\t”，stringsAsFactors = F）

# 新增需要新增文字的點，預設為空

data$label <-‘’

# 將有顯著性差異並且表達倍差大於2的挑選出來，將其label賦值為id號

data$label

［data$padj < 0。05 & data$significant ！= “Unchanged”］ <- data$id［data$padj < 0。05 & data$significant ！= “Unchanged”］

##############ggplot2作圖並儲存

volcano <- ggplot（data，aes（log2FoldChange，-1*log10（padj）））+

geom_point（aes（color = significant），size = 3） +

# geom_jitter（aes（color = significant），alpha=0。4）+

# 點新增標籤

geom_text（aes（label = label，color = significant）， size = 3，vjust=-0。5， alpha=0。4） +

# 座標軸名稱

labs（x = expression（log［2］（Ratio））， y = expression（-log［10］（FDR））） +

scale_color_manual（values = c（“green”， “red”， “black”）） +

# log10（0。5）~1。3

geom_hline（yintercept = 1。3， linetype = 4） +

# log2（2）=1，log2（0。5）=-1

geom_vline（xintercept = c（-1， 1）， linetype = 4） + ylim（0， 15） +xlim（-5，5）

ggsave（“

volcano。png

”，volcano）

效果圖如下：

案例資料移步：volcano。text