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基迪奧生物 （

gene-denovo

）

| 本文作者：莫北

之前在微信文章中的《如何繪製漂亮的“花瓣”韋恩圖？》和《介紹一種簡單的韋恩圖繪製方法》已經為大家介紹如何用OmicShare tools和Origin繪製韋恩圖，今天再為大家介紹下如何用R語言的VennDiagram包繪製韋恩圖。

#安裝載入VennDiagram包；

install。packages（“VennDiagram”）

#載入VennDiagram包；

library

（VennDiagram）

#讀入資料；

data

= read。table（“venndata。txt”，header =TRUE，row=1，sep=“\t”）

head(data)

#獲取行名；

otus =

rownames(data)

head

（otus）

#獲取列名；

sets =

colnames(data)

sets

#指定比較組，以"_"分隔；

option =“MO-MU-SJ-SA”

option

#獲取指定的新分組名稱；

newgroup =

unlist

（strsplit（option，“-”））

newgroup

#生成空列表；

x =

list()

#將每個分組絕對丰度值大於0的otu id列表逐一存到列表x中，[]選取資料框、矩陣、向量中的元素，[[]]選取列表中的元素；

for（i in newgroup）{

x［［i］］=otus［as。numeric（data［，i］）>0］

}

#檢視列表x的結構；

str

（x）

#載入個人收藏的wesanderson包顏色列表；

Chevalier1<-

c(

“#355243”，“#fbca50”，“#c9d5d4”，“#baa28a”）

FantasticFox1<-

c(

“#d37a20”，“#dbcb09”，“#3a9cbc”，“#dd7208”，“#a30019”）

Moonrise3<-

c(

“#75cbdc”，“#f0a4af”，“#8a863a”，“#c2b479”，“#f8d068”

)

Cavalcanti1<-

c(

“#ceab0d”，“#083215”，“#919562”，“#6f997a”，“#831e11”

)

Darjeeling2<-

c(

“#e6c09e”，“#0d5888”，“#cb8b3e”，“#9cd6d6”，“#000000”

)

Darjeeling1<-

c(

“#fb0007”，“#139177”，“#ed9e08”，“#f56f08”，“#4caecc”

)

Royal2<-

c(

“#e4c9b2”，“#f1c2a5”，“#f49d98”，“#fcd68f”，“#629076”

)

IsleofDogs2<-

c(

“#e4c9b2”，“#998273”，“#a6723d”，“#2b2523”，“#151213”

)

#設定顏色列表，因為最多隻能畫五個分組的韋恩圖，這裡最多設定5種顏色；

color_list = Darjeeling1

#依照指定的新分組數選取顏色列;

fill_colors = color_list［1：

length

（x）］

fill_colors

#獲取系統日期；

date

<-Sys。Date（）

date

#生成包含日期的檔名，paste()函式用於字串粘合，strsplit()的逆操作;

filename =

paste

（option，“-”，

date

，“。venn。tiff”，sep=“”）

filename

#繪製韋恩圖，並匯出到工作目錄；

venn。diagram（x，

col

=“white”，fill=fill_colors，lwd=。5，filename=filename，cex=。5，cat。cex=。5，width=1200，height=1200）

最終結果如下：

以上的內容是以繪製4組資料的韋恩圖為例，在指定比較組的那一步，可根據自己的資料自由指定分組（<6組）。例如，當option = “MU-SJ-SA”時，即可得到這3列資料（分組）的韋恩圖，如下：

你甚至還可以嘗試其他配色方案，如下圖，得到令自己滿意的配色。