類囊體中含兩類色素:葉綠素和橙黃色的類胡蘿蔔素,通常葉綠素和類胡蘿蔔素的比例約為3:1,chla與chlb也約為3:1, 在許多藻類中除葉綠素a,b外,還有葉綠素c,d和藻膽素,綠葉是光合作用的場所如藻紅素和藻藍素;在光合細菌中是細菌葉綠素等。幾類色素的吸收光譜不同,葉綠素a,b吸收紅,橙,藍,紫光,類胡蘿蔔素吸收藍紫光,吸收率最低的為綠光。所以說是會吸收紅外光和紫外光的。
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