該作圍繞《遊戲王》第一部劇情結束八到十年後(主人公遊城十代高一時為八年後,高三時為十年後)的世界觀展開,部分前作角色也會登場,一些基礎設定也煥然一新,卡牌的決鬥方式以融合為主,講述遊城十代報名參加決鬥學院考試,並在學院學習生活的一連串故事遊...
在異次元世界裡,丸藤亮和十代等人經歷了許多,最終,丸藤亮在心臟即將停止的時候,讓瞬間化為永恆,發動一直深信的究級融合卡力量結合,電子終結龍攻擊力到達16000這個瞬間電子終結龍彷彿閃耀著無盡的光輝,一直追求終極力量的決鬥者在沒有遺憾的決鬥中...
在羽翼栗子球的引導下,十代穿越來到武藤遊戲還是十幾歲的時代,和持有神之卡的遊戲的真正的畢業決鬥進行著,那時十代找回了3年來持續的戰鬥中失去的重要之物...
劍山、萬丈目、明日香、翔等人先後被黑暗吞噬,並且世界的大多數人已被“黑暗魔王”吞噬了,吹雪和被DARKNESS控制的藤原優介大戰,但是卻輸了,十代和約翰聯手戰勝了藤原,但是DARKNESS的本體卻出現了,約翰因為和藤原優介的戰鬥而無力再戰,...