前兩天看Y叔的公眾號，提到了關於Bioconductor包安裝方式更新的事兒。

恰逢我這兩天想試試新的RNA-seq 分析流程（Hisat2+stringtie+ballgown），看看能不能提高效率，當然事實證明這個流程還蠻好用的，安裝ballgown的時候留了一下意：

Bioconductor在R3。5版本以後，終於放棄了source（） 這種危險的連結方式，改為用新的安裝方式BiocManager進行安裝：

程式碼已經給好，不再需要source（）：

if （！requireNamespace（“BiocManager”， quietly = TRUE））

install。packages（“BiocManager”）

BiocManager：：install（“ballgown”， version = “3。8”）

安裝好了BiocManager，以後裝軟體就只需要貼上最後一行程式碼BiocManager：：install 就好了。

BiocManager 還有個很不錯的功能：為使用者檢視安裝要求：

Bioconductor還給出了貼心的說明（笑），貼出了使用BiocManager的好處：

大概意思是：

Bioconductor的 bioc-devel 每六個月（其實是每年四月和十月）會對旗下的生物相關的R包進行更新和debug，install。packages在很多時候檢測不到這些更新，導致使用者總是安裝過時的版本（為啥不和BiocLite比較一下）。

其實我覺得，恐怕是某些R包的作者總是使用舊版本的依賴包，才導致不能用install。packages 的吧。。。。

但是對於R 3。5 以下的版本，依舊需要使用BiocLite：