腫瘤內部有一小部分細胞具有很強的自我更新能力和致瘤能力，具有幹細胞特徵，這些細胞被稱為

癌症幹細胞（CSC）

。CSC是由成年幹細胞突變而來的

腫瘤起源細胞

，可以透過不斷的自我更新和分化產生不同型別的

腫瘤細胞

，對腫瘤的發生、復發、轉移、

化學耐藥性

，對腫瘤發展起促進作用。

今天，與以往的幹細胞研究不同，這篇文章沒有使用

乾性指數

（評估腫瘤細胞與幹細胞相似性的指標），是基於CSC相關通路基因對

結腸癌

的預後進行

分型+預後風險模型構建驗證+模型的實驗驗證

。現在就讓我們來check check下到底做了哪些內容吧，發表雜誌：Frontiers in Oncology（IF：4。848）

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癌症幹細胞生信分析

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流程圖

結果：

1、材料準備：GO、TCGA資料庫下載癌症幹細胞（CSC）相關基因、結腸癌樣本資料

２、基於CSC相關基因對疾病樣本進行聚類，得到結腸癌幹細胞相關分子亞型，分析生存差異以及與已有結腸癌表型的分佈差異

3、分子亞型間臨床特徵分佈以及免疫細胞浸潤程度差異

4、分子亞型間差異基因篩選

（只選擇了C1-C2和C1-C3間的差異，忽略C2-C3之間，文章中沒有解釋，是個謎）

5、差異基因功能、通路富集分析

6、將TCGA-COAD劃分訓練集和測試集（75% vs 25%），基於訓練集構建風險模型

（單因素cox迴歸分析+lasso迴歸分析）

7、風險模型訓練集預測效能展示

（P<0。05， AUC>0。6）

8、風險模型內部測試集預測效能魯棒性評估

（P<0。05， AUC>0。6）

9、風險模型外部獨立測試集效能評估

（GSE39582、GSE17536）（P<0。05， AUC僅一個小於0。6）

10、臨床特徵預後分析比較

11、風險模型獨立預後預測因子評估

（單因素+多因素cox）

12、風險評分相關潛在調節通路（

ssGSEA）

13、風險模型與其它評分模型比較

（用別的模型公式重新計算了訓練集樣本得分，可見AUC普遍不及本研究）

14、qPCR 測基因表達，驗證模型

到這裡這篇文章就分享完了，可以說是風險模型

公共資料庫+溼實驗驗證的預後分析典範

了。文章主要做的工作是收集癌症幹細胞相關基因，定義了相關的分型—再基於

分型差異基因

構建CSC風險預測模型—模型結合臨床特徵等研究—溼實驗驗證模型包含基因差異表達以及風險模型。

主幹清晰明瞭，內容豐富，這麼細節的步驟展示你肯定讀懂了，若還不懂小編會吐血而亡香消玉殞。但是主編說不會也沒關係，可以掃碼可以聯絡我們！

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