高顏值可定製線上作圖工具-第二版
Jump to。。。
訪問統計
功能改進
R繪圖文章
激動人心的訪問地址
生信寶典,一起學生信
生信寶典,生物資訊學習系列教程,轉錄組,宏基因組,外顯子組,R作圖,Python學習,Cytoscape影片教程
生信寶典,最好的生物資訊培訓課程,培訓課程資料
生信寶典推出之前推出了一系列畫圖相關文章,包括多種形式的熱圖、線圖、柱狀圖、箱線圖、泡泡圖、韋恩圖、進化樹、火山圖、生存分析、
共表達分析
聚類如等(可點選文末連結直達),都是基於R程式碼或簡便封裝的R指令碼,便於學習和使用。另外還有Cytoscape和其它作圖工具以及圖形排版的介紹,是在家作圖、出門收藏的必備良品。
現在推出的線上版設計有生信分析常見的
12
種圖, 推出到現在獨立訪問次數達到
8000+
次,平均每人訪問頁面
5+
次, 總計開啟次數
4萬+
次。具體使用和樣例可見之前的推文最簡單漂亮的免費線上生信繪圖工具。在大家不斷的反饋下,新版做出了很多調整,提示資訊更友好,工具更容易使用了。下面簡單介紹下訪問統計、最常使用的工具、新版的改進和操作方式,希望大家多多使用,給出更多的反饋。
有的朋友很細緻,指出我們的
Home
旁的圖示應該是個
小房子
,不應該是
心形
(在網頁上更多代表收藏的意思)。我們也做了很多其他細節最佳化,歡迎大家繼續提出更多的意見,介面上的、操作上的、功能上的,我們都會給予積極反饋和協調最佳化。
訪問統計
推出到現在獨立訪問次數達到
8000+
次,平均每人訪問頁面
5+
次。
月度最受歡迎頁面是
熱圖
、
富集分析圖
和
線圖
,排名第四的是
火山圖
。學習GO富集分析和GSEA富集分析的原理和操作,點選關鍵字直達, 還有去東方,最好用的線上GO富集分析工具, 註釋資料每週同步更新等你體驗。
功能改進
對需要有必填引數的繪圖,增加了
Demo
按鈕。
點選
Demo
後,可看到非預設引數都標記了黃色背景,從上到下瀏覽下去,就可以看到引數如何填寫的,然後點選
PLOT
就可以查看出圖效果。
如果一個圖沒看到
Demo
按鈕,那說明沒有必選,直接點選
PLOT
就可以看到繪圖效果。
增加了資料的預先讀取,把列名字儲存到對應的下拉框中。這樣既省去了輸入,又避免了不知道填寫什麼內容的尷尬。
因為必選項一般是資料的
列名字
,不常用
程式語言
繪圖的朋友可能對這個缺少一些概念理解,後臺程式是透過列名字索引某一列的內容的,所以只需要把資料放到資料框,在下面
variable name
處提供列名字就可以了索引對應的列了。
如下圖,需要指定哪一列做為
橫軸
,比如
GeneRatio
; 哪一列做縱軸,比如
Description
; 哪一列指示上色方案;哪一列指示點的大小,都可以從下拉框中選擇。
可以用上面的
Demo
幫您演示,或者直接看每個圖最開始的
輪播
,上面有詳細的輸入資料格式、引數選擇和結果圖形展示。
增加了資料格式判斷。
若輸入的資料存在一些不符合後臺語言規則的寫法,給出提示。主要針對資料的第一行 (也就是列名字),存在非數字、
字母
、下劃線外的字元。這些寫法在Windows下沒問題,但對程式語言讀取會造成一些坤然,所以做了系統幫助判斷,規範寫法,避免後期出現意料外的錯誤。這個也是大家反饋最多的問題, 可以體驗下這種解決方式是否有效。
每個圖都可以下載
格式,這個是一直都有的功能,現在只是優化了顯示位置。
可選引數的面板預設都是關閉狀態,可點選每個面板右上角的
+
開啟檢視,獲取更多的功能和更高的定製性。
增加了更多的引數判斷和資料格式支援。
比如繪製熱圖,有時給的矩陣會有重複的基因名字(尤其是無參轉錄組的結果),自己匹配的基因,沒有嚴格命名,而在Windows下重名也不會有影響,我們增加了預設給重複的基因名加一個編號的操作,這樣就不會出現錯誤,完好出圖。不過還是建議大家自己核查結果,是否有必要自己先對基因重新命名下。
再如
UpsetView
是另一種形式的韋恩圖,可能大家接觸不多,對它的資料格式也不瞭解,現在是維恩圖繪製的資料,可以直接拿來繪製UpsetView,使用更方便。
輸入的
中文逗號
會自動換為英文逗號。
只需要輸入數字的地方,如果輸入了無關字元會自動抹去。
FAQ頁面,蒐集了一些常見的錯誤。這也是我們在做轉錄組和繪圖培訓時,學員常犯的錯誤。不過慢慢地這些錯誤都不會在出現了,要麼被我們優化了後臺處理,要麼給出了貼心的提醒。
多裝置支援目前也有比較好的效果,歡迎更多的試用、反饋和調整。
如果您使用過程中,遇到問題,也請直接聯絡我們或填寫
Problem Feedback
頁面,我們會及時解答。如果有新的功能需求或其它對我們發展的建議,也請提出,我們會優先新增。我們會加您入搶先使用者群,體驗更多新功能,後期也會有很多福利哦。
R繪圖文章
在R中讚揚下努力工作的你,獎勵一份CheatShet
R語言學習 - 入門環境Rstudio
R語言學習 - 熱圖繪製 (heatmap)
R語言學習 - 基礎概念和矩陣操作
R語言學習 - 熱圖簡化
R語言學習 - 熱圖美化
R語言學習 - 線圖繪製
R語言學習 - 線圖一步法
R語言學習 - 箱線圖(小提琴圖、抖動圖、區域散點圖)
R語言學習 - 箱線圖一步法
R語言學習 - 火山圖
R語言學習 - 富集分析泡泡圖 (文末有彩蛋)
R語言學習 - 散點圖繪製
一文看懂PCA主成分分析
富集分析DotPlot,可以服
R語言學習 - 韋恩圖
R語言學習 - 柱狀圖
R語言學習 - 圖形設定中英字型
教師節獻禮 - 文章用圖的修改和排版
R語言學習 - 非引數法生存分析
基因共表達聚類分析和視覺化
R中1010個熱圖繪製方法
激動人心的訪問地址
長按二維碼即可跳轉到對應網址 <
http://www。
ehbio。com/ImageGP/
>
http://www。
ehbio。com/ImageGP/index
。php/Home/Index/index。html
(二維碼自動識別)
生信寶典,一起學生信
http://
mp。weixin。qq。com/s/i71O
MaUu6QtcY0pt1njHQA
生信寶典,生物資訊學習系列教程,轉錄組,宏基因組,外顯子組,R作圖,Python學習,Cytoscape影片教程
http://
mp。weixin。qq。com/s/d1KC
ETQZ88yaOLGwAtpWYg
生信寶典,最好的生物資訊培訓課程,培訓課程資料
www。ehbio。com/Training
BIOINFOCHENTONG
版權宣告:本文為博主原創文章,轉載請註明出處。
https://
qr。alipay。com/apx06562r
uiub6qfbty2tba
(
二維碼
自動識別)
wxp://f2f03MzShlrPcavdQwWowKYiEKXkusJ4Dtpd (二維碼自動識別)