畸形果的產生主要是果實內種子數少和種子分佈不均勻所致,接連幾個心皮都沒有種子發育,則該處的假種皮發育程度差,出現該處凹下而畸形;若果實內種子分佈均勻,且每粒種子的假種皮發育正常,又能促進附近沒有種子的假種皮充分發育,則果形端正。
上述情況表明:番荔枝種子數多且分佈均勻,則果大、形正,否則果小而畸形。普通番荔枝種子數與果實大小和可食率在一定範圍呈正相關。
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