如何用ImageJ進行血管分析？
血管在協調大腦內的神經元細胞網路的正常發育中發揮重要作用，血管與腦內其他細胞存在訊號交流。
2018年8月24日國際著名期刊Science線上發表題為“Endothelial Dab1 signaling orchestrates neuro-glia-vessel communication in the central nervous system”的文章。文章採用了多種血管分析方法，值得我們學習。
1. 血管網路分析
Fig 1F，G，Isolectin B4（IB4）染色的視網膜血管網路分析，統計指標為血管的徑向長度（vessel radial length）。
補充材料中分析了血管密度（Vessel density）：
血管網路分析作者採用2011年PLOS ONE上發表的血管分析工具AngioTool（doi： 10。1371/journal。pone。0027385）。
文章自發表以來得到了Cell，Science，Nature等國際知名期刊的廣泛引用，下圖是AngioTool工具的引用情況：
AngioTool介面友好使用簡單，可以獲得很多資料，可獲得資料如下：
值得注意的是，Vessel percentage area是血管陽性的面積和發現血管總面積的比例也就是Vessel density。下面是各個指標的具體意義：
AngioTool分析效果：
AngioTool下載地址：https://ccrod.cancer.gov/confluence/display/ROB2/Home
官網不僅提供了軟體還提供了示例圖片供下載：
那麼如何像Science使用AngioTool分析血管網路呢？官網人性化的提供了詳細的使用教程：
https://ccrod.cancer.gov/confluence/display/ROB2/Quick+Guide
，供大家自行學習。
2. 神經血管單元完整性的評價
神經血管單元有神經元-膠質細胞-血管構成，包括神經元、星形膠質細胞、小膠質細胞、血管內皮細胞、血管周細胞、基底膜以及細胞外基質。Fig6 D，E，Alexa Fluor 555 cadaverine（Cad-A555）全腦熒光評價神經血管單元完整性。
Cadaverine分子量小，脂溶性高，通常用來評價血腦屏障的破壞，作者使用Alexa Fluor 555熒游標記的Cadaverine。深度麻醉小鼠後，50μl Cad-A555（1 mg/ml）眼窩靜脈竇後注射。Cad-A555在成年小鼠需要經過20分鐘迴圈，新生小鼠需要2小時。充分迴圈後進行4%多聚甲醛灌注，取腦組織後固定3小時，顯微鏡全腦成像。
3. 使用ImageJ分析視網膜血管絲狀偽足
在Fig2 H，I中作者使用IB4標記視網膜血管，分析血管向外生長出絲狀偽足（Filopodia）的數量。
開啟ImageJ軟體，File，Open開啟待分析圖片：
點選 point工具，右擊，選擇Multi-Point工具 ，手動點選進行計數：
點選Analyze，Measure，可以看見此時計數數量為23個，儲存圖片即可。
4. 使用ImageJ分析小管形成實驗圖片
小管形成實驗是測量在體外血管生成一種快速的，可量化的方法。內皮細胞結合條件培養基並接種於基底上，易形成三維網狀結構，之後透過ImageJ軟體對小管結果進行定量分析。
作者在補充材料中使用小管形成實驗分析了成管的長度（Tube length）和分支點的數量（Branch point）。
開啟ImageJ軟體，File，Open開啟待分析圖片：
點選Angiogenesis Analyze外掛，介面如下：
點選
，右鍵選擇對應的圖片型別為：Analyze HUVEC phase contrast，等待程式自動分析。
圖片分析結果如下：
資料如下圖所示：
得到資料包括總長度分支點等。
5. 使用Plot profile顯示Aqp4與血管分佈位置關係
Fig7 F中作者使用ImageJ工具Plot profile表示水通道蛋白4（Aqp4）與血管分佈的位置關係：
不同熒光在同一空間分佈，例如兩個蛋白都定位在核內或胞漿，可以透過Plot Profile工具得到的隨著劃線distance的熒光的灰度值來實現。
首先開啟RGB格式圖形，使用
劃線（劃線為黃色位置），如下圖：
點選Analyze，Tools，Color profile，得到如下結果，List匯出資料即可。
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