最近收到不少老師繪製進化樹的需求，不少小夥伴反映不適應iTOL和EvolView輸入檔案格式，因此我們特地推出進化樹雲工具，助老師繪製漂亮的進化樹圖。在此特別感謝Y叔團隊研發的ggtree系列R包使進化樹繪製更加簡易。

進化樹雲工具地址：

https：//www。

omicstudio。cn/tool/53

接下來將以下圖為例，教大家如何使用進化樹雲工具繪製高分文獻圖。

1。樹檔案上傳

該圖不需按組別對分支上色，因此直接上傳樹檔案。樹檔案目前僅支援Newick格式檔案。該格式將

相鄰內部節點

放在一對括號內並以括號分隔，括號外為其父節點。

2。基本引數調整

此處對樹的基本情況進行調整，佈局選擇環形（fan），不設定樹開角，分支長度按比例，比例尺選擇標尺並對比例尺位置及顏色進行調整。調整後可以點選開始繪製按鈕，觀察圖形（可透過拖拽圖片右下角小黑三角控制圖片大小）。

3。功能新增

3。1高亮功能突出分類

由於該功能需透過節點名稱調節，故需選擇【基本引數】選項卡內顯示節點名稱選項。該樹分支較多，導致節點名稱疊加，越靠末端越難辨認。此時可透過

檢視分支

功能（需更改樹形為矩形），檢視某一分支情況，確定分類節點。

在【高亮分支】選項卡內選擇確定分類的節點，並調節區域顏色，透明度及區域大小。還可透過+/-按鈕增加/減少高亮區域。

3。2彩條註釋功能新增分類註釋

在【

彩條註釋

】選項卡對高亮的區域新增對應的類別註釋，需注意此選項卡需要填寫的是

起始註釋

和

終止註釋

，而後新增的註釋將出現在這兩個註釋區域中間位置。透過調整註釋位置和彩條位置（註釋位置是相對於彩條位置的，因此即便註釋位置引數不變，調整彩條位置引數也可調整類別註釋位置）使各位置註釋不重疊，並調節角度，顏色，字型美化圖形。由於此處不需要彩條，因此將彩條大小調整為0。

4關聯圖形

例圖疊加了三層圖形：末端點圖，熱圖和

柱狀圖

，我們將依次新增。

4。1末端點圖

選擇關聯圖形功能，在【關聯圖形】選項卡選擇末端點圖關聯型別，下載示例檔案，將資料整理成示例檔案格式並上傳。

選擇點形狀（基因名稱，類別等離散型資料），點大小（數字等連續型資料），點顏色（基因名稱，類別等離散型資料）資料，並調整形狀及顏色。

由於形狀及大小的圖例標題是固定的，因此修改的圖例標題為顏色圖例標題。

由於添加了末端點圖，再顯示末端註釋，圖片不太美觀，因此將【基本引數】選項卡內末端註釋取消。點選開始繪製按鈕，觀察繪製圖片，對高亮區域及註釋大小、位置進行微調。

4。2 熱圖

透過【關聯圖形】選項卡

+

按鈕疊加關聯圖形，選擇相應的疊加圖片型別，按下載的示例檔案格式整理資料上傳，調整顏色。

4。3 柱狀圖

透過【關聯圖形】選項卡

+

按鈕疊加關聯圖形，選擇相應的疊加圖片型別，按下載的示例檔案格式整理資料上傳，選擇柱狀圖資料（柱資料為

連續型資料

，柱顏色為離散型型資料），調整顏色。

5 圖片下載

在【結果下載】選項卡選擇需要下載的

圖片

型別，更改圖片名稱，點選

結果下載

按鈕進行圖片

壓縮包

下載。

以上就是進化樹雲工具繪圖的簡單介紹了（詳細介紹可見雲工具使用手冊），老師可以透過掃描下方二維碼獲取繪圖資料進行測試。

如果老師有想要上新的雲工具（想要實現的圖片或分析）請在下方留言，助力科研，責無旁貸。

參考資料：

【1】 Asnicar， Francesco， George Weingart， Timothy L Tickle， Curtis Huttenhower， and Nicola Segata。 2015。 “Compact Graphical Representation of Phylogenetic Data and Metadata with Graphlan。”

PeerJ

3： e1029。

【2】Morgan， Xochitl C。， Nicola Segata， and Curtis Huttenhower。 2013。 “Biodiversity and Functional Genomics in the Human Microbiome。”

Trends in Genetics

29 （1）： 51–58。

【3】Ggtree：

https：//

yulab-smu。top/treedata-

book/