R語言繪圖教程|如何繪製漂亮的紫藤花點狀圖？
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基迪奧生物 （
gene-denovo
）
本文作者：莫北
閒言少敘，直接上乾貨！不知道大家平時有沒有見過這樣一種外觀像
紫藤花
一樣好看的圖表，如下圖。
這種圖表也被稱為蜂群圖（beeswarm），可能是因為圖形外觀像爬滿蜜蜂的蜂窩，哈哈！與常見的箱型圖、小提琴圖一樣，蜂群圖也主要用於展示資料的分佈情況。我在《繪製複雜組合圖表的獨家秘笈分享》一文中介紹過蜂群圖與
柱狀圖
進行組合的畫法，當然OmicShare也有相應的線上小工具。
工具連結：https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/beeswarm
下面主要為大家介紹如何使用ggbeeswarm包繪製這樣好看的“紫藤花”。
#安裝ggbeeswarm包；
#install。packages（“ggbeeswarm”）
#載入ggbeeswarm包；
library（ggbeeswarm）
#設定工作目錄；
setwd（“C：/Users/MHY/Desktop”）
#讀入資料；
dt <- read。csv（“expression。csv”，row。names=1，header = T）
#預覽資料的前六行；
head（dt）
為了滿足ggplot2包的作圖資料格式，這裡將“寬資料”轉成“長資料”，這裡用到reshape2中的melt函式。
#載入reshape2；
library（reshape2）
df <- melt（dt，id。vars=NULL，
measure。vars = c（“Activated_T”，“HSC”，“Naive_T”），
variable。name = “Cluster”，
value。name = “Expression”）
#id。vars表示不需要合併的列；
#measure。vars表示需要合併的列；
#variable。name表示
列名
合併後的新列名；
#value。name表示數值合併後的新列名。
#檢視轉換後的資料；
head（df，10）
#載入ggplot2；
library（ggplot2）
#指定繪圖順序；
#levels不能有重複值，這裡使用unique去重；
df$Cluster <- factor（df$Cluster，levels = unique（df$Cluster）， ordered = T）
#將資料與圖形建立對映；
p1 <- ggplot（df，aes（x=Cluster，y=Expression））
p1
#繪製蜂群圖；
p2 <- p1+geom_beeswarm（data=df，mapping=aes（color=Cluster），
priority=“descending”，
alpha=0。7，
dodge。width = 0，
size=2，
cex = 1。5，
show。legend=F）
p2
重要引數：
dodge。width
：可用於設定圖形左右兩側空餘區域，避免圖形被繪圖區域剪下；priority：/praɪˈɒrəti/ 意為優先、重點，這裡用於設定點的佈局樣式。
#priority = c（“ascending”，“descending”， “density”， “random”， “none”）；
#預設引數為“ascending” /əˈsendɪŋ/，上升、升序；
#“descending” /dɪˈsendɪŋ/ 降序、下降；
#而“density” 朝向上下兩個方向；
#“random” 和 “none” 效果相似，點的分佈為隨機狀；
#繪製“朝上”的蜂群圖，有點像
高粱
的穗子；
p3 <- p1+geom_beeswarm（data=df，mapping=aes（color=Cluster），
priority=“ascending”，
alpha=0。7，
dodge。width = 0，
size=2，
cex = 1。4，
show。legend=F）
p3
#自定義半透明顏色（紅綠橙）；
mycolor <- c（“#FF9999”，“#99CC00”，“#FF9900”）
p4 <- p2 + scale_colour_manual（values=alpha（mycolor，0。9））
p4
#其他配色方案：
#粉綠深紫；
mycolor <- c（“#FF99CC”，“#99CC00”，“#9933FF”）
#紅綠紫；
mycolor <- c（“#f8766d”，“#7cae00”，“#c77cff”）
#粉綠紫；
mycolor <- c（“#FF99CC”，“#99CC00”，“#c77cff”）
p5 <- p3 + scale_colour_manual（values=alpha（mycolor，0。9））
p5
#設定y軸範圍（上下兩端的空白區域設為1），修改刻度標籤；
#expansion函式設定
座標軸
範圍兩端空白區域的大小；mult為“倍數”模式，add為“加性”模式；
p6<-p4+labs（x=“”）+scale_y_continuous（expand=expansion（add = c（1， 1）），
limits = c（0， 15），
breaks = c（0，5，10，15），
label = c（“0”，“5”，“10”，“15”））
p6
#自定義圖表主題，對圖表做精細調整；
top。mar=0。2
right。mar=0。2
bottom。mar=0。2
left。mar=0。2
#隱藏
縱軸
，並對字型樣式、座標軸的粗細、顏色、刻度長度進行限定；
mytheme<-theme_classic（）+
theme（text=
element_text
（family = “sans”，colour =“gray30”，size = 12），
axis。line = element_line（size = 0。6，colour = “gray30”），
axis。ticks = element_line（size = 0。6，colour = “gray30”），
axis。ticks。length = unit（1。5，units = “mm”），
plot。margin=unit（x=c（top。mar，right。mar，bottom。mar，left。mar），
units=“inches”））
#應用自定義主題；
p6+mytheme
#除了經典的主題樣式，minimal主題樣式也不錯；
p6+theme_minimal（）+theme（panel。grid。minor=element_blank（））
其他的配色效果也挺好看的，如下。
當然，如果你不會R語言也不打算學習使用R語言，可以試試OmicShare的蜂群圖工具，只需上傳資料也能實現類似的效果。
好啦，本次的
科研繪圖
教程就分享到這裡啦~