學習生信,最難的地方竟然是……
每天轉發那麼多微信雞湯文為何還過不好這一生,學了這麼久生物資訊,為何還沒有入門。其實應該抓住主要矛盾,各個擊破。我以九年的生物資訊經驗告訴你,其實學習
生物資訊學
最難的地方是……
紙上得來終覺淺
很多新手學習
生物資訊
上來就想學習最重要的部分,想要結果直接就發文章,而不願學習一些基礎的內容,覺得這樣浪費時間。那麼一定要學習那部分基礎的嗎?是的,不要隔著鍋臺上炕。
我們從後往前推,一個合格的生物資訊分析工作者,可以熟練利用生物軟體和資料庫分析生物資料;要想數量掌握軟體和資料庫就需要熟練掌握Linux命令列(暫時先不要寄希望與圖形介面)。而要學會Linux,其實最難的地方是Linux的目錄結構。綜上,學習生物資訊最難的地方其實是要熟悉Linux的目錄結構。
絕知此事要躬行
其實Linux並沒有大家想的那麼難,其實命令列並不複雜,只是需要學習一些
指令集
,這樣才能與計算機進行互動,而很多指令都是英文單詞或者其簡寫,常用的不超過30個,比記憶30個英文單詞還容易,詳見我們之前的推文:
但是我在教學過程中新手出錯最多的地方是Linux
目錄結構
,經常會出現下面的錯誤,導致生物軟體無法執行成功,打擊了學習生物資訊的資訊,認為生物資訊很難。
$ command not found。。。
$ No such file or directory
因為Linux結構與我們熟悉的windows不同,大部分人習慣了windows的碟符,我的電腦,CDE盤等,甚至在windows下所見即所得,無需瞭解具體目錄結構。但是Linux系統隨時隨地都需要了解目錄結構,在加上家目錄“~”,主目錄“/”,
目錄分隔符
“/”,確實給新手造成很大的困惑,下面我們詳解一下Linux的目錄結構。
Linux目錄結構
這是Linux的目錄結構圖,是一個樹狀結構;
這是每個目錄具體的內容;
家目錄“~”:每個使用者登入中預設的其實位置,相當於每個人的家;波浪線是一個簡寫,它相當於/home/$USER 這個目錄;
根目錄“/”:相當於windows系統的“我的電腦”,相當於所有系統硬碟的總和,所有資料都在這裡面;
目錄分隔符“/” :用於區分不同目錄的層級,如果用在最前面是根目錄,接下來就是目錄層級,例如/usr/bin/;
Linux目錄操作
切換目錄使用cd命令,“change directory”,後面直接接目錄的名字,注意從根目錄“/”開始,一次可以寫一個很長的目錄結構,而不需要像windows一層層雙擊
資料夾
;
pwd :顯示當前目錄名
cd :切換目錄 change directory
ls :顯示目錄下的檔案
cd / :切換到根目錄
cd ~ :切換到使用者個人目錄
cd ~;ls :切換到使用者個人目錄並顯示目錄下檔案
cd - :切換到上次使用目錄
相對路徑
如果每次都從根目錄“/”出發,顯然很麻煩,因此有了相對目錄。
cd 。/ 一個點,表示當前目錄;
cd 。。/ 兩個點,表示上層目錄;
TAB補齊
因為Linux的目錄比較複雜,不可能每次都手寫,因此必須經常使用Tab鍵進行補齊,例如要從當前位置,切換到“/etc/selinux/final/”目錄下。
$ cd /et #按tab自動補齊
$ cd /etc/se #繼續tab補齊,會出現三個se開頭的
security/ selinux/ setroubleshoot/ setuptool。d/
$ cd /etc/selinux/ #繼續給定字母l,就可以繼續補齊
$ cd /etc/selinux/final/ #同理,直接補齊全部目錄結構