眾所周知DNA是絕大多數生命的

遺傳物質

，DNA由分別含有A、T、C、G四種不同鹼基的

核苷酸

組成，如果說DNA是書寫生命藍圖的語言，四種鹼基就是這種語言的4個字母，測序就是把生命這本書讀出來的過程。自人類基因組計劃完成以來已有上千種不同生物完成了全基因組測序。今天我們透過一個簡單的軟體簡單接觸一下

基因序列分析

。

DNAMAN是種可以在windows下執行的生信軟體，我整理了之前在貼吧的帖子做了個使用演示，僅使用了序列對比這一個常用功能，你們有興趣的話可以深入發掘下DNAMAN這個軟體的其他功能，

生物資訊分析

雖然精通困難但入門並沒有想象中的麻煩，人人都有機會接觸。

1、

基因序列檔案

通常用fasta格式儲存，開啟一個基因序列檔案，密密麻麻的ATCG

通常測序獲得的原始資料都很短需要先組裝，也就是拼起來。這裡用的是一個genebank上下載的已知動物序列。

2、直接看原始碼誰也看不懂，序列和程式設計一樣都是需要註釋的，不過這裡僅做一個不同生物的基因對比演示，就涉及不到註釋了。雞和火雞的

SHOX2基因

對比，可以看到，ATCG四種鹼基中雙方對比結果一致的部分用深藍色填充，而不一樣的部分則是淺藍色。雞和火雞的SHOX2基因在這一區域幾乎完全一樣，表現出很高的一致性，畢竟都是“雞”啊。

再對比杜鵑和鸚鵡的另一基因，一致性就沒那麼高了，深藍和淺藍雜亂無章的交錯表現出了較低的序列一致性，與傳統

分類學

相對較遠的分類地位一致。

3、在對生物的基因進行兩兩對比之後，我們再嘗試一下同時對比多個生物的基因！如圖所示完全一樣的序列依然用深藍色顯示，相似度高的用粉色顯示，低的用淺藍色顯示，不相似的部分不塗色。

同時對比幾種鳥類的序列，依然雜亂無章，

相似性

沒有出現顯著規律

但是在某些區段，後面三種鳥類的基因表現出了較高的一致性，這是否暗示了進化關係或者具有某種相同功能就不得而知了，需要進一步分析。