【ImageJ】熒光細胞計數方法
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1) ImageJ下載地址:
https://
imagej。nih。gov/ij/downl
oad。html
2) 開啟ImageJ;
3) 開啟檔案:
File – Open 選擇一個GFP圖 / 將圖片檔案拖拽到ImageJ工具欄;
4) 將偽彩圖轉成點陣圖:
Image – Type – 8-bit;
5) 背景去噪,調整不平的背景面:
Process – SubtractBackground…;
可選引數:
Rolling Ball Radius – 不屬於背景的圖形的曲率最大值,區分背景和標記物的引數;
Light Background:調整為背景淺色標記物深色;
Created Background:只顯示背景影象;
6) 增強對比度:
Process – Enhance Contrast;調整對比度
7) 去噪點,取盡所有細胞點:
Image – Threshold; 調整係數;
8) 劃分開重疊的細胞:
Process – Binary – Watershed;
9) 計數:
Analyze – Analyze Particles;
可選引數:
Size(pixel^2):納入統計的畫素點大小範圍;
Circularity:畫素點趨於圓形的程度,Circularity=1代表只統計圓形的畫素點
Show-outline : 顯示被統計的細胞輪廓與計數,用於確認被統計的細胞、是否成功區分重疊細胞,是否摻雜統計了噪音畫素點等等; 可選引數:
Show-bare outlines;只顯示輪廓不標記數目;
Show-Masks:被標記的輪廓被填充滿;
Display result:顯示統計結果;
Clear result:清楚原先的結果;
Exclude on Edges: 分佈在邊界的標記物不被計數;
Include Holes:孔樁標記物一併被計數;
10) Summary視窗讀取結果。
PS: 在步驟8時,如果出現提示,說明圖片格式不符,可透過“Process-Binary-Make Binary”解決
最後,不同熒光圖片處理過程會有小差異,出現一些不同的問題,只需要掌握幾個關鍵選項的功能即可靈活解決。參考 ImageJ User Guide 使用說明。